Prag erbjuder ett brett utbud av spa-hotell för besökare som vill kombinera stadssemester med avkoppling. De flesta spa-hotellen ligger centralt i Gamla stan eller vid Vaclavplatsen, med nära till sevärdheter som Karlsbron och Pragborgen. Budgeten varierar från mellanklass till lyx, med priser från cirka 1500 CZK per natt. Många hotell erbjuder bastu, bubbelpool, massage och ibland inomhuspool. Det är bra att boka spa-behandlingar i förväg, särskilt under högsäsong.
Bland de högst rankade hotellen märks Majestic Plaza Hotel Prague med gratis kaffe och te på rummet samt en blandning av Art Deco och Biedermeier-stil. Hotel Paris Prague, byggt 1904 i nygotisk stil, har ett välutrustat wellnessområde med ångbastu och thaimassage. Four Seasons Hotel Prague erbjuder en exklusiv AVA Spa med termalbad och utsikt över slottet. BoHo Prague Hotel, medlem i Small Luxury Hotels, har ett mindre spa och fokus på personlig service. Alla hotell passar både par och affärsresenärer.